Nedgången var oväntad och hänger samman med att många inte kunde jobba i kölvattnet på orkanerna Harveys och Irmas förödelse i delstater som Texas och Florida. Analytiker hade i snitt räknat med en ökning på 90000 jobb i september, vilket redan det är en historiskt låg siffra.
Snittet har under de senast föregående tolv månaderna legat på 172000 nya jobb per månad.
Samtidigt föll arbetslösheten till 4,2 procent, den lägsta nivån sedan 2001, enligt USA:s arbetsmarknadsdepartement. Positivt var även att timlönerna i snitt steg med 12 cent i september, en ökning med 0,45 procent jämfört med augusti och 2,9 procent jämfört med september i fjol.
Enligt ekonomer hänger löneökningarna i snitt troligen samman med att det i första hand var lågavlönade timanställda som inte kunde jobba efter orkanernas framfart.
Sysselsättningen i augusti ökade med 169000 jobb, enligt reviderade tal från departementet. Det kan jämföras med en tidigare beräkning på 156000 nya jobb.
I snitt har det under de senaste tre månaderna, inklusive nedgången i september, skapats 90000 nya jobb per månad i USA.