Både Hansson och Junevik kvalade tidsmässigt in till kvällens semifinal då de delade tolfteplatsen på 26,50.
Men i EM är det så att endast två simmare per nation kan avancera vidare från försöken, trots att det är tillåtet att ställa upp med fyra från varje land.
På VM och OS uppstår aldrig de här situationerna då man bara får ha två deltagare per nation i grenarna.
- Jag började garva på en gång. Det har hänt för andra nationer, men aldrig för oss. Det var lite roligt, sade förbundskaptenen Ulrika Sandmark.
"Konstigt"
Båda svenskorna sänkte sig jämfört med försöken. Hansson slog personligt rekord med 15 hundradelar till 26,11 och Junevik fick 26,36.
- Det är konstigt att det blir jag och Sara som går upp i omsimning och att man inte kan få vara tre i semifinalen. Men när man väl står där lägger man inte fokus på vem som är banan bredvid. Det är först i mål som gäller, sade 21-årige Hansson om kompisduellen mot 18-årige Junevik.
Fler Hanssonrekord
Sara Junevik:
- Det var synd att jag missade på grund av det här, men jag vet ju att Sverige i alla år har haft bra simmare på 50 meter fjäril. Jag var bara 1,5 tiondel från mitt pers så det bådar gott inför ungdoms-OS (i Buenos Aires i oktober).
Familjen Hansson hade mer att gläda sig åt. Även lillasyster Sophie slog personligt rekord på 50 meter bröstsim med elva hundradelar och hennes 30,79 var sjunde tid till kvällens semifinal.
Jessica Eriksson hamnade på placeringen precis utanför semifinal, missade med 33 hundradelar, medan marginalerna var ännu mindre – fyra hundradelar – för mixedlaget på 4x100 meter fritt med Christoffer Carlsen, Isak Eliasson, Ida Lindborg och Magdalena Kuras som slutade nia.