Svensken vann B-divisionen på 5000 meter med tiden 6.22.98, vilket var cirka tre och en halv sekund bättre än tvåan Sindre Henriksen från grannlandet Norge.
Tack vare segern tar Van der Poel en del världscuppoäng, som lyfter upp honom på en 22:a plats i totalen.
i A-divisionen blev det norskt i topp.
Sverre Lunde Pedersen, som ligger trea totalt i världscupen, vann på tiden 6.14.66.
LÄS ÄVEN: Nils klar för sitt första OS
TT