Organisationen uttrycker nu även oro för den ökning som skett av antalet smittade de senaste veckorna och då särskilt i trakterna av staden Beni, nära gränsen till Uganda. Sedan början av augusti har 200 fall av smitta rapporterats till organisationen, varav 165 bekräftats med tester.
Oro, våld och konflikter i området kan göra det svårare för myndigheter och hjälporganisationer att förhindra ytterligare smitta.
- Den ökade osäkerheten i staden är ett av skälen till att vi ser de här nya fallen komma, säger WHO:s talesperson Tarik Jasarevic till AFP reporter i Genève.
Så sent som i början av september sade Peter Salama, chef för WHO:s akuta insatser, att organisationen förhoppningsvis skulle kunna stoppa utbrottet "de kommande veckorna".
Vid det stora ebolautbrottet i Västafrika 2013–2016 dog över 11000 personer.
Rättad: I en tidigare version uppgavs ett felaktigt dödstal. Uppgift om antalet bekräftade dödsfall saknades också.
Fakta: Ebola
Ebola tillhör gruppen blödarfebrar, allvarliga sjukdomar som drabbar kroppens alla organ. Symptom är bland annat kräkningar, diarré, utslag, lever- och njursvikt samt blödningar i huden och de inre organen.
Viruset smittar genom direktkontakt med kroppsvätskor som blod, svett och kräkningar. En person måste ha symptom för att vara smittsam, men ett lik kan också sprida smitta.
Det är tionde gången sedan 1976 som ebola upptäcks i Kongo-Kinshasa.
Det värsta utbrottet var dock i Västafrika, där fler än 11300 människor dog 2013–2016.
Det är fortfarande inte klarlagt var viruset håller sig gömt mellan utbrotten. Fladdermöss är en tänkbar reservoar för smittan.
Källor: Folkhälsomyndigheten, Läkare utan gränser.