"Det väcker grundläggande etiska och politiska frågeställningar som vi alla måste ta ställning till", skriver han i The Guardian.
Förra veckan stod det klart att Madonna kommer att uppträda som mellanakt i finalen i Eurovision Song Contest.
Arrangemanget har sedan tidigare väckt protester, bland annat i en skrivelse där 171 svenska artister uppmanar den svenska delegationen att stanna hemma. Tonläget höjs ytterligare i Waters text där han kallar beslutet att ordna Eurovision i Israel ett "svek mot mänskligheten".
"Några av mina musikerkolleger som nyligen uppträtt i Israel säger att de gör det för att bygga broar och jobba för fred. Skitsnack. Att uppträda i Israel är ett lukrativt jobb men att göra det innebär att normalisera ockupationen, apartheidregimen, den etniska rensningen, fängslandet av barn, slakten av obeväpnade demonstranter – sådana dåliga saker", skriver han.
Det är inte första gången Roger Waters påkallar uppmärksamhet till artister som bokat konserter i Israel. Så sent som i höstas var han del av den kritikerkör som fick Lana Del Rey att ställa in en spelning i landet.