Samtalet kom till stånd efter tilltagande amerikansk oro för kinesiskt stöd till den ryska krigsinsatsen.
Presidenternas senaste officiella, och tillika virtuella, möte i november varade i nästan fyra timmar.
I dagens videosamtal, knappt två timmar långt, var Xis budskap att konflikter mellan stater inte ligger in någons intresse, rapporterar det statliga kinesiska tv-bolaget CCTV.
– Stat till stat-relationer kan inte övergå i militära fientligheter, sade han enligt AFP.
Enligt Xi borde Kina och USA axla ländernas internationella ansvar och han manade de två ledande världsekonomierna att "färdas framåt på den rätta vägen".
Som medlare
Biden upplyste Xi om vad följden blir för Kina att stöda Ryssland, meddelar Vita huset:
"Han (Biden) beskrev innebörden och konsekvenserna av att Kina förser Ryssland med materiel samtidigt som de brutala attackerna mot ukrainska städer och civila."
USA uppmanar Kina att välja rätt sida i historien.
– Att Biden skulle varna Xi för att aktivt stöda Ryssland var uppenbart, säger Niklas Swanström, chef för institutet för säkerhets- och utvecklingspolitik (ISPD).
– Efter att ha framfört sina ståndpunkter kom man överens om att vi behöver ett slut på det här, men kanske inte varför och på vilket sätt.
Enligt honom ligger det i Kinas intresse att hitta en fredlig lösning, gärna med en kinesisk medlarroll.
– Då kan man räddar sitt ansikte i Moskva likväl som i Bryssel och Washington.
Pest eller kolera
Inte för att kineserna brinner för Ukrainas öde, utan för att värna sitt ekonomiska utbyte med väst.
– Men jag har svårt se Xi hitta den ultimata lösningen för Putin. Vi har nog långt kvar tyvärr innan vi hittar en tillfällig hantering, säger Niklas Swanström.
Kina går en svår balansgång där man å ena sidan vill undvika inblandning i kriget och behålla goda relationer med viktiga handelspartners i väst – och samtidigt värna sin nära relation med Ryssland.
Varnande ord
Flera amerikanska medier publicerade i söndags uppgifter om att Ryssland bett Kina om militär hjälp i Ukrainakriget. Både Ryssland och Kina har förnekat uppgifterna.
I veckan gjorde nya amerikanska underrättelseuppgifter gällande att Kina ska vara villigt att gå Ryssland till mötes och förse landet med militärt och ekonomiskt stöd.
Fredagens presidentsamtal följde på ett sju timmar långt möte i Rom mellan Vita husets nationella säkerhetsrådgivare Jake Sullivan och hans kinesiska motpart Yang Jiechi i måndags. Den amerikanska sidan ska då ha varnat för "möjliga konsekvenser" om Kina väljer att stödja Ryssland.