Rebellerna gick till anfall på två ställen i Beni i provinsen Nordkivu natten till lördag. Landets armé meddelade förra månaden att den skulle inleda en offensiv i området för att utrota anhängare till den islamistiska extremistgruppen ADF, som har rötter i Uganda och länge funnits i gränsområdet mellan länderna.
Attackerna utfördes med machetes och knivar och rebellerna tros även ha plundrat bostäder och butiker.
Antalet civila som dödats har stigit sedan militärens offensiv – som får kritik från boende för att lägga sin kraft på fel områden.
– Det är en komplicerad situation eftersom befolkningen är målet för ADF:s hämndattacker mot militära insatser, säger Teddy Kataliko, företrädare för civilsamhället i Beni-området.
ADF har funnits i Kongo Kinshasa sedan 1995 och anklagas för att ha dödat tusentals civila de senaste fem åren.
Terrorrörelsen IS har tagit på sig några av ADF:s attacker men det finns inga tydliga bevis för samröre mellan rörelserna.