"Det finns många som inte vill se säkerhet får våra medborgare, och som medvetet saboterar nationella institutioner" skrev Minawi på Twitter på söndagen.
Strider mellan armén, vars general Abdel Fattah al-Burhan leder landet, och paramilitära styrkor ledda av general Mohamed Hamdan Dagalo har pågått i sex veckor. Den väpnade kampen om makten har främst pågått i huvudstaden Khartum och i Darfurprovinsen i västra Sudan.
Darfur har länge var krigsskådeplats för interna strider, och under det krig och folkmord som inleddes 2003 i provinsen dog upp emot 400 000 människor.
Part i kriget var dåvarande janjawidmilisen, som förde krig mot folkgrupper i Darfur. Janjawidmilisen med generalen Dagalo ombildades senare delvis till den nuvarande stridande parten RSF.
Minawi, som stod på motståndarsidan i Darfurkonflikten, höjer därmed tonläget mot den dåvarande fienden.
"Jag uppmanar våra ärade medborgare, folket i Darfur, unga som gamla, att ta till vapen för att försvara vår egendom" skrev Minawi.