Ledarskribenten Zhang Zhouxiang poängterar att flaggan, där de fem gula stjärnorna bytts ut mot gula coronavirus, finns kvar på tidningens sajt, även efter protester från den kinesiska ambassaden i Danmark.
Illustrationen har gjorts av tecknaren Niels Bo Bojesen.
"Teckningen är ett väldigt dåligt exempel på att västerlänningar demoniserar Kina. Alla med en känsla för modern etik förstår hur mycket förolämpning den innehåller", heter det i engelskspråkiga China Dailys ledare.
"Tecknaren bör inte ens drömma om att faktiskt skada Kina genom att rita teckningen: genom denna handling har han endast visat för hela världen hur skruvad och ytlig han själv är."
Teckningen får inte heller stöd av den danska befolkningen, tror tidningen.
"Förutom protester och klander från Kina kommer teckningen endast att ta emot klander från människor med samvete i Danmark."
I ledaren poängterar skribenten Zhang Zhouxiang att Kina investerat mycket resurser, både mänskliga och materiella, för att hindra att coronaviruset sprids ytterligare. Fler än 130 människor har avlidit i sviterna av coronaviruset i Kina och misnt närmare 6 000 människor har smittats.
Jyllands-Postens chefredaktör Jacob Nybroe sade under tisdagen att tidningen inte avser att be om ursäkt för något som den inte anser är fel. Statsminister Mette Frederiksen har också betonat att Danmark har yttrandefrihet, som även gäller teckningar.