Hur många som dödats är oklart, men enligt det politiska styret i området handlar det om totalt 40 rebeller och två poliser under de två senaste dygnen, en siffra som bekräftas av en källa inom regeringen.
– Terroristerna har använt sig av automatkarbiner och krypskyttegevär mot civila. De dök upp i flera byar för tända eld på hus, säger delstatens regeringschef N Biren Singh.
Uppgifterna motsägs dock av en militärkälla, som hävdar att fyra personer dödats.
Hittills i maj har minst 70 människor dödats i våldsamheterna, vilket inte inkluderar helgens händelser. Den senaste tidens oroligheter inleddes efter att delstatens största folkgrupp meithei krävt att bli erkänd enligt en lag som ger registrerade etniska grupper rätt till en viss kvot av statliga tjänster och utbildningsplatser. Lagen syftar till att komma till rätta med strukturell ojämlikhet och diskriminering.
Manipur ligger i ett avlägset område som binds samman med resten av landet genom en smal landkorridor. Delstaten har i årtionden drabbats av återkommande oroligheter mellan etniska och separatistiska grupper.