Den misstänkte mannen identifierades under kvällen lokal tid som en 38-årig man som stämt tidningen och en av journalisterna för förtal 2012.
Journalisten hade skrivit en krönika som handlade om den misstänktes kontakt med en kvinna på Facebook, visar domstolsdokument, skriver Reuters. Den misstänkte hade erkänt sig skyldig till trakasserier av kvinnan fem dagar innan krönikan publicerades. Men han stämde tidningen då han ansåg att hans syn på saken inte fått utrymme i krönikan.
Målet avvisades i domstol 2013 och 2015.
Den misstänkte har upprepade gånger skrivit kritiska tweets till tidningen, journalisten och domarna. Twitterkontot har varit tyst från januari 2016 och fram till kort före dådet på torsdagen, då han i en tweet riktad till en domare skrev att han ville bli lämnad i fred.
Skadade fingrarna
Den misstänkte hade skadat sina fingrar inför dådet för att inte kunna identifieras genom fingeravtryck, uppger polisen enligt tidningen The Baltimore Sun.
Mannen använde rökgranater när han gick in i kontorsbyggnaden och var väl förberedd, säger polistalesmannen Bill Krampf.
En poliskälla uppger för CBS News att myndigheterna tog till bland annat ansiktsigenkänning för att kunna söka igenom databaser med id-handlingar.
Polisen undersöker hans hem under kvällen lokal tid.
Minst tre personer har skadats i dådet.
Polisen larmades till tidningen angående en pågående skjutning på redaktionen och kom dit bara minuter senare. Polisen omringade skytten, enligt en av reportrarna på tidningen.
Över 170 människor fördes ut ur byggnaden, där även flera andra företag finns.
Vita huset fördömer
Marylands guvernör Larry Hogan uppmanade under eftermiddagen alla att hålla sig borta från området. Han säger i ett uttalande att delstaten kommer att bidra med alla nödvändiga resurser för att hjälpa till i den pågående utredningen.
"Det finns ingen plats i vårt samhälle för den här sortens hat och våld, och individen som är ansvarig för detta fruktansvärda brott måste ställas inför rätta", skriver han.
USA:s president Donald Trump twittrar att hans tankar och böner är med offren och deras familjer.
Vita husets pressekreterare Sarah Sanders beskriver händelsen som en attack på "oskyldiga journalister".
"Jag fördömer kraftigt den onda handlingen av meningslöst våld i Annapolis, MD", twittrar Sanders.
"En våldsam attack mot oskyldiga journalister som gör sitt jobb är en attack på alla amerikaner. Vi ber för offren och deras vänner och familjer."