"Sydafrikas regering har tagit illa vid sig av uttalandet som gjorts av Australiens migrationsminister och förväntar sig att det tas tillbaka", skriver utrikesdepartementet.
Duttons uttalande kom i veckan efter att han sett en dokumentär om våldsbrott på landsbygden i Sydafrika, enligt australiska medier.
- Jag anser, baserat på det jag sett, att människor behöver hjälp och att de behöver hjälp från ett civiliserat land som vårt, sade han.
Uttalandet har fått Sydafrikas regering att kalla till sig Australiens högste diplomat i landet.
Australiens utrikesminister Julie Bishop undvek en direkt fråga om kravet att ta tillbaka uttalandet, och sade i stället att det förekommer diskussioner med Sydafrika "i en rad frågor".
- Det budskap som vi vill framföra till den sydafrikanska regeringen är att de ska försöka skydda alla sina medborgare, säger hon till australiska ABC.
Mord på vita jordägare i Sydafrika är en laddad fråga. Regeringen har sagt att morden bara är en del av ett större problem med våldsbrott i Sydafrika.