Flottans talesperson Enrique Balbi uppger att ubåten godkändes i rutinkontroller två dygn innan den for ut i Atlanten för att genomföra övningar. Den försvann den 15 november och anhöriga hävdar att underhållet av den över 30 år gamla farkosten varit dåligt, något som regeringen förnekar.
Argentinas president Mauricio Macri beordrar att en utredning ska tillsättas för att "ta reda på sanningen".
- Vi kan inte leta efter någon ansvarig om vi inte har all information. Först måste vi ta reda på vad som har hänt och varför, säger Macri.
Inget livstecken har bekräftats från de 44 personerna i besättningen, och en teori talar om att en explosion kan ha drabbat ubåten. Men även om skrovet är intakt befaras det att syret i farkosten har tagit slut vid det här laget.
Sökandet med hjälp av enheter från flera länder fortsätter, men inte längre som en räddningsinsats. Flottan tror inte att någon är vid liv.
De anhöriga plågas av ovissheten.
- Sorgeprocessen kan inte börja eftersom de (personerna i besättningen) fortfarande finns någonstans där ute, säger psykologen Guillermo Bruchstein.
Den försvunna Ara San Juan är en av tre ubåtar i den argentinska flottan.
Farkosten är 65,93 meter lång, 7,3 meter bred och 15,3 meter hög (inklusive tornet).
Besättningen består av 44 personer.
Båten byggdes i Tyskland och sattes i bruk 1985.
Ara San Juan kan färdas på djup upp till 250 meter. Dess topphastigheter är 25 knop (46 km/h) under ytan och 15 knop (28 km/h) i ytläge.
Källa: Clarín, La Nación