Efterlysningen sker på grund av någon typ av brottsutredning gentemot Kallas, skriver estniska medier, men det är oklart exakt vad det gäller.
– Det handlar om människor som har utfört fientliga handlingar mot historiska minnen och mot vårt land, säger Kremls talesman Dmitrij Peskov till reportrar.
Uppgifterna om efterlysningen kommer ursprungligen från den ryska oberoende mediesajten Mediazona, som gått igenom en databas tillhörande Rysslands inrikesdepartement.
Över 700 utlänningar finns på den ryska listan över efterlysta, rapporterar Mediazona. Utöver Kallas nämns flera andra politiker i de baltiska länderna samt en rad högt uppsatta ukrainska militärer. Mediesajten skriver att flera av de påstådda brottsutredningarna mot politiker i Östeuropa kan härröras till sovjetiska monument som förstörts eller tagits ned.
Kaja Kallas har varit premiärminister i Estland sedan 2021. Sedan den fullskaliga invasionen av Ukraina har hon varit en stark kritiker av Rysslands krig och en av Ukrainas närmast allierade. Hon har även påtalats som en möjlig efterträdare till Natos avgående generalsekreterare Jens Stoltenberg.