29-årige Halfvarsson, som haft en tung säsong och slutade 52:a i onsdagens 30-kilometerslopp i fri stil, gjorde ett ryck i den sista backen över de 1,3 kilometerna och vann drygt en sekund före Viktor Thorn, Ulricehamn, som var snabbast i sprintkvalet men tog silver.
Oskar Svensson, Falun Borlänge, tog brons.
- Jag var inställd på att det var där jag kunde avgöra, säger Calle Halfvarsson – som tog två SM-guld 2015 – till SVT och fortsatte.
- Viktor drog upp ett bra tempo. Jag nyttjade min kraft på rätt ställe. Det är jätteroligt, jag har gått tillbaka till min barndomsklubb. Det är kul att jag får ta ett SM-guld för den lilla klubben.
Fjolårets sprintmästare Emil Jönsson, som meddelat att han avslutar karriären efter den här säsongen, stod vid sidan av torsdagens tävling på Vitbergets skidstadion i Skellefteå.
32-åringen från Årsunda kände att kroppen inte höll för tävling den här dagen.
- Femmilen (på måndag) har jag nog tänkt köra, säger Emil Jönsson till SVT.
Marcus Hellner, Gellivare skidallians, som vann onsdagens tremilslopp slutade på 35:e plats i sprintkvalet och slogs ut.