Federer kommer att möta oseedade fransmannen Benoit Paire i nästa match, efter att ha gjort processen kort mot 22-årige Nishioka. Matchen mot japanen var slut på en timme och 52 minuter.
I och med sin seger har schweizaren lyckats vinna 18 förstamatcher i US Open på 18 försök.
- Jag är glad att jag aldrig har fallit redan vid första hindret. Det är nästan dags att gå i pension, men inte än, säger han efter matchen, enligt US Opens sajt.
37-årige Federer har vunnit US Open fem gånger – i rad – 2004 till 2008.
Federer slapp den värsta hettan eftersom hans match spelades på kvällen. De som spelade tidigare under dagen fick slita ont i värmen, framför allt herrarna som spelar matcherna i bäst av fem set.
Serbiske världssexan Novak Djokovic var kraftigt påverkad av den drygt 30-gradiga hettan utanför Manhattan i New York men lyckades till slut vinna komfortabelt mot 41-rankade Marton Fucsovics, Ungern, med setsiffrorna 6–3, 3–6, 6–4, 6–0 i första omgången. Organisatörerna lade till en tiominuterspaus mitt i matchen på grund av de höga temperaturerna och luftfuktigheten.
- Vi kämpade båda två, och vi var inte de enda i dag. Brutala förhållanden, sade Djokovic efter matchen, rapporterar AFP.
Han bad sina tränare att komma med handdukar med is för att kyla ned honom under matchens andra set.
- Jag var tvungen att hitta på ett sätt för att komma ur situationen, sade han.
I nästa runda väntar 61-rankade Tennys Sandgren, USA, för Djokovic som vunnit US Open, årets avslutande grand slam-turnering, två gånger (2011 och 2015).