Den 30-åriga svenskan förlorade mot tyska Kerber med 2–6, 7–5, 4–6, och har därmed spelat färdigt i singel i grand slam-turneringen i Queens, New York.
Efter en tuff start på Arthur Ashe Stadium fick 82-rankade Larsson ordning på spelet i andra set, där hon vände 2–5 till 7–5 och kvitterade till 1–1. Larsson hade 4–4 i tredje men tappade serven till 4–5 och Kerber säkrade segern.
I första omgången i dubbel, senare under torsdagskvällen lokal tid, gick det bättre. Larsson och nederländskan Bertens besegrade Kaia Kanepi, Estland/Andrea Petkovic, Tyskland, med 6–2, 6–4.
I nästa omgång får de möta Nao Hibino, Japan/Oksana Kalasjnikova, Georgien.
Rebecca Peterson är framme i singelns tredje omgång, där hon möter Kanepi, men i dubbeln gick det inte lika bra. Tillsammans med Kaitlyn Christian, USA, förlorade hon i första omgången mot Lucie Hradecka, Tjeckien/Jekaterina Makarova, Ryssland, med 2–6, 3–6.