Peterson var snabbast i den blågula kvartetten, femma i kvalet och 3,01 sekunder bakom kvalvinnaren, finländaren Ristomatti Hakola som klockades för 3.08,44.
Efter sig hade han Svensson (sjua) och OS-debutanten Thorn (åtta) – och Halfvarsson på tionde plats, 4,73 bakom Hakola.
Halfvarsson bröt söndagens tre mil långa skiathlon redan efter en dryg mil. Känslan i kvalet var inte jättebra heller, trots en hyfsad placering.
- Det var tungt. Det var en väldigt jobbig prolog, men jag hoppas att jag fick en genomkörare och kommer igång efter det här, säger Halfvarsson till Kanal 5.
Att alla svenskar var topp tio tyder i alla fall på att vallateamet har prickat rätt i de svåra förhållandena i Pyeongchang.
- Det är rätt lurigt före i dag, det blåser och snöar. Men jag tror att vi har lyckats ganska bra med materialet i dag, säger Oskar Svensson till Kanal 5.
En av storfavoriterna, norrmannen Johannes Høsflot Klæbo, gick i mål 19 hundradelar långsammare än Hakola. I stor t sett alla stora namn tog sig vidare, men kanadensaren Alex Harvey har oväntat tävlat klart efter att ha slutat 32:a i kvalet.
Efter att åkarna valt kvartsfinaler ser det första heatet ut att bli ett riktigt getingbo. Klæbo, Teodor Peterson och italienske kvalfyran Maicol Rastelli åker där.
Halfvarsson får det också tufft i heat två, där italienaren Federico Pellegrino och norrmannen Pål Golberg finns i startfältet.
Viktor Thorn ställs bland annat mot kvalsegraren Hakola och Oskar Svensson får möta både Emil Iversen och OAR-åkaren Alexander Panzjinskij.
Herrarnas kvartsfinaler inleds 12.25.