Vranjes har både spelat för och tränat Flensburg, och sex år efter att ha lämnat klubben bakom sig är han tillbaka.
"Det är en ära för mig att få arbeta för SG igen och att hjälpa till att bygga något nytt. Jag är väldigt glad och tacksam för det förtroende som klubben har gett mig. Jag kommer att leva SG igen", säger Vranjes till klubbens hemsida.
Vranjes kommer närmast från franska ligafemman Nimes, där han varit tränare. I den nya rollen kommer han att jobba nära huvudtränaren Nicolej Krickaus.
"Ljubomir Vranjes tillför en enorm internationell expertis till Flensburg. Han har goda kontakter i hela Europa och har mycket erfarenhet – inte minst från sina tidigare sejourer i Flensburg. Dessutom är han en beprövad handbollsexpert och har ett öga för unga talanger", säger Holger Glandorf, vd för Flensburg.
I Flensburg spelar svenskarna Jim Gottfridsson och Anton Lindskog. Laget ligger just nu fyra i Bundesliga.